Misión
La misión de la Auditoría Interna está alineada con las cuatro perspectivas del Plan Estratégico, aprendizaje y crecimiento, procesos internos, clientes y valor agregado. Asimismo también está en concordancia con la misión institucional:
“Ofrecer servicios preventivos y de auditoría con calidad que impacten positivamente a nuestros clientes (*) y demás partes interesadas (**), mediante el desarrollo profesional continuado y la aplicación tecnológica, para garantizar razonablemente a la sociedad costarricense que la gestión de la Municipalidad de San José, se fundamenta y ejecuta conforme al marco legal, técnico y a las sanas prácticas."
(*) Entiéndase por clientes: el Jerarca, la Administración Activa, la Contraloría General de la República y los Contribuyentes cuando establecen denuncias.
(**) Entiéndase por demás partes interesadas: los demás grupos de interés, entre otros: los contribuyentes en calidad de aporte de pago de tributos, la Asamblea Legislativa, la Defensoría de los Habitantes y demás Gobiernos Locales.
Visión
La visión de la Auditoría Interna se encuentra alineada con la misión anterior y también con la visión institucional:
“Seremos una auditoría reconocida por el alto desempeño de su gestión, que utilice tecnología de avanzada y se convierta en el aliado clave para la garantía razonable de la transparencia y rendición de cuentas de la Municipalidad de San José".